Türk Çocuk Ürolojisi Derneği 09.04.1996 tarihinde Çocuk Ürolojisi Derneği adı altında kurulmuştur. Dernek merkezi kuruluşundan bu yana Prof Dr. Nuretti Öktem Sk. Lale Palas Apt. 18/2 Şişli, İstanbul’dur. Derneğin kurucu üyeleri Dr. Ali Haluk Ander, Dr. Ferruh Şimşek, Dr.İsmet Nane, Dr. Reşit Tokuç, Dr. Hamit Doğan Ziya Başak, Dr. Hasan Orhan Ziylan ve Dr. Muhammet İhsan Karaman’dır. Geçici yönetim kurulu 03.06.1996 tarihinde ilk toplantısını yaparak görev bölümünü belirlemiş ve üye kaydına başlama kararı almıştır. İlk yönetim kurulu toplantısında yapılan görev bölümüne göre,  Dr. Haluk Ander başkanlığa, Dr. Ferruh Şimşek ikinci başkanlığa, Dr. Orhan Ziylan genel sekreterliğe, Dr.İsmet Nane saymanlığa ve Dr. Reşit Tokuç, Dr. Doğan Başak ve Dr. İhsan Karaman üyeliklere getirilmiştir.

Derneğin ilk olağan genel kurul toplantısı 18.03.1997 tarihinde yapmıştır. Birinci genel kurulda yönetime  Dr. Haluk Ander, Dr. Orhan Ziylan, Dr. İhsan Karaman, Dr. Ferruh Şimşek, Dr. Nur Danişment, Dr. Serdar Tekgül, Dr.İsmet Nane seçilmiştir. Yönetim kurulu görev dağılımında başkanlığı Dr.Haluk Ander, ikinci başkanlığı Dr. Ferruh Şimşek, Genel sekreterliği Dr. Orhan Ziylan, Saymanlığı Dr. İsmet Nane, üyelikleri Dr. Nur Danişment, Dr. İhsan Karaman ve Dr. Serdar Tekgül üstlenmiştir. Derneğin ilk genel kuruluna gelindiğinde üye sayısı 153’e erişmiştir.

18 03.1998 tarihinde yapılan olağanüstü genel kurul toplantısında tüzük değişikliği ele alınmıştır. Bu değişiklikle derneğin üye tanımı “Üroloji uzmanları, çocuk ürolojisi üst ihtisasını tamamlamış olan uzman doktorlar ve çocuk ürolojisi alanında eğitim görmüş olduğuna dair eğitim sertifikasına sahip olan uzman doktorlar” iken yeni asıl üye tanımı “çocuk ürolojisi bilimi ile ilgili uzman doktorlar” şeklinde tüzüğe geçirilmiştir.

Derneğin ikinci olağan genel kurulu 27.04.1999 tarihinde yapılmıştır. Bu genel kurulda yapılan seçimle  Dr. Haluk Ander, Dr. Nur Danişment, Dr. Orhan Ziylan, Dr. Yunus Söylet, Dr. İsmet Nane, Dr. İhsan Karaman ve Dr. Serdar Tekgül yönetim kurulu üyeliklerine seçilmiştir. Yapılan işbölümü uyarınca Dr. Haluk Ander başkanlığa, Dr. Nur Danişment ikinci başkanlığa, Dr. Orhan Ziylan genel sekreterliğe, Dr. İsmet Nane saymanlığa, Dr. Yunus Söylet, Dr. İhsan Karaman ve Dr. Serdar Tekgül üyeliklere getirilmiştir.

Derneğin üçüncü olağan genel kurulu 20 Nisan 2001 tarihinde yapılmıştır. Bu genel kurulda yapılan seçimle yönetim kurulu Dr. Haluk Ander, Dr. Nur Danişment, Dr. Orhan Ziylan, Dr. Yunus Söylet, Dr. İsmet Nane, Dr. İhsan Karaman ve Dr. Serdar Tekgül tarafından oluşturulmuş, başkanlığa Dr. Haluk Ander, ikinci başkanlığa Dr. Nur Danişment, genel sekreterliğe Dr. Orhan Ziylan, saymanlığa Dr. İsmet Nane, üyeliklere Dr. Yunus Söylet, Dr. İhsan Karaman ve Dr. Serdar Tekgül getirilmiştir.

Derneğin dördüncü olağan genel kurulu 19 Nisan 2003 tarihinde yapılmıştır. Yapılan seçim sonucunda yönetim kurulu Dr Yunus Söylet, Dr. Demokan Erol, Dr. Orhan Ziylan, Dr. İsmet Nane, Dr. Serdar Tekgül, Dr. İbrahim Ulman ve Dr. İhsan Karaman tarafından oluşturulmuştur. Genel kurulu izleyen ilk yönetim kurulu toplantısında yapılan işbölümü ile Dr. Yunus Söylet başkanlığa, Dr. Demokan Erol ikinci başkanlığa, Dr. Orhan Ziylan genel sekreterliğe, Dr. İsmet Nane saymanlığa, Dr. İbrahim Ulman, Dr. Serdar Tekgül ve Dr. İhsan Karaman üyeliklere getirilmişlerdir. Dördüncü genel kurulda yapılan tüzük değişiklikleri ile yönetim kurulu üyeliği ve başkanlık sürelerine kısıtlama getirilmiştir. Bu değişikliklere göre yönetim kurulu üyeliği arka arkaya üç dönem ile, başkanlık ise bir dönem ile sınırlandırılmıştır. Yine bu genel kurulda iki yılda bir Nisan ayında yapılan olağan genel kurulların Kasım ayına ertelenmesi böylece yönetim kurulu değişikliğinin ulusal çocuk ürolojisi kongrelerinin tamamlanmasından sonra yapılması sağlanmıştır.

13.Mayıs.2005 Tarihinde dernekler yasasının değişmesi nedeniyle olağanistü genel kurul yapılarak gerekli tüzük değişiklikleri yapılmıştır. Bu genel kurulda alınan başvuru yetkisi sonrasında yapılan girişimlerle, 2003-2005 döneminde derneğin adına Türk ibaresinin eklenmesi sağlanarak Türk Çocuk Ürolojisi Derneği adı tescil edilmiştir.

Derneğin beşinci genel kurulu 26.Kasım 2005 tarihinde yapılmıştır. Yapılan seçim sonucunda Dr. Orhan Ziylan, Dr. İbrahim Ulman, Dr.Haluk Emir, Dr. Cankon Germiyanoğlu, Dr. Şaban Sarıkaya, Dr. Tufan Tarcan ve Dr. Rüknettin Aslan yönetim kurulu üyeliklerine getirilmiştir. Yönetim kurulu içerisinde yapılan iş bölümüne göre Dr. Orhan Ziylan başkanlığa, Dr. Şaban Sarıkaya ikinci başkanlığa, Dr. İbrahim Ulman genel sekreterliğe, Dr. Rüknettin Aslan saymanlığa, Dr. Haluk Emir, Dr. Cankon Germiyanoğlu ve Dr. Tufan Tarcan üyeliklere getirilmiştir. Daha sonra Dr. Tufan Tarcan’ın Türk Üroloji Derneği yönetim kuruluna seçilmesi nedeniyle istifasıyla boşalan yönetim kurulu üyeliğine birinci yedek konumunda olan Dr. Turgut Alp getirilmiştir.

Derneğin altıncı olağan genel kurulu 1 Aralık 2007 tarihinde yapılmıştır. Altıncı genel kurulda yapılan seçim ile yönetim kurulu üyeliklerine Dr. İbrahim Ulman, Dr. Haluk Emir, Dr. Cankon Germiyanoğlu, Dr.Tarkan Soygür, Dr. Rüknettin Aslan, Dr. Abdurrahman Önen, Dr. Selami Sözübir seçilmiştir. Seçimi izleyen günlerde Dr. Cankon Germiyanoğlu, Dr. Tarkan Soygür, Dr. Rüknettin Aslan istifa etmişlerdir.

Yönetim kurulunun çağrısıyla 26 Kasım 2008 tarihinde olağanüstü genel kurul toplantısı yapılmış ve yönetim kurulu seçimi yeniden yapılmıştır. Bu seçimde Dr. Serdar Tekgül, Dr. Orhan Ziylan, Dr. Şaban Sarıkaya, Dr. Nihat Satar, Dr. Tarkan Soygür, Dr. Rüknettin Aslan ve Dr. Aykut Kefi yönetim kurulu üyeliklerine seçilmiştir. Yönetim kurulunun yaptığı iş bölümüne göre başkanlığa Dr. Serdar Tekgül, ikinci başkanlığa Dr. Orhan Ziylan, genel sekreterliğe Dr. Tarkan Soygür, saymanlığa Dr. Rüknettin Aslan, üyeliklere ise Dr. Şaban Sarıkaya, Dr. Nihat Satar ve Dr. Aykut Kefi getirilmiştir.

Önceki yıllarda Bursa ve Ankara’da düzenlenen 3 kongre ile düzenli bilimsel toplantılar başlatılmışsa da dördüncü ve Derneğin sorumluluğunda düzenlenen ilk kongre 23-24 Ekim 1997 tarihinde İstanbul’da gerçekleştirilmiştir.  İzleyen kongreler farklı illerde ve yerel düzenleme komiteleri ile işbirliği yapılarak gerçekleştirilmiştir. Böylece sırasıyla 13-15 Ekim 1999’da Gaziantep Tıp Fakültesi ile Gaziantep’te, 19-21 Eylül 2001’de 19 Mayıs Tıp Fakültesi ile Samsun’da, 11-14 Eylül 2003’de Erciyes Tıp Fakültesi ile Kapadokya’da, 1-4 Ekim 2005’de Adnan Menderes Tıp Fakültesi ile Marmaris’te, 8-11 Kasım 2007 tarihinde Süleyman Demirel Tıp Fakültesi ile Antalya’da ulusal çocuk ürolojisi kongreleri düzenlenmiştir.  Kapadokya’da yapılan 6. kongrede ESPU eğitim komitesi kursu kongreye eşlik etmiş, daha sonraki 3 kongrede ilk bir günlük süre güncelleştirme kursuna ayrılmıştır.

Ulusal kongreler dışında Ankara ve İzmir’de düzenlenen kurslar, Anadolu’nun çeşitli kentlerinde gerçekleştirilen eğitim toplantıları, Türk Üroloji Derneği ulusal kongreleri kapsamında düzenlenen Türk Çocuk Ürolojisi Dernek toplantıları, ilgili diğer dernek bilimsel toplantılarına verilen destekler, 1997 yılından bugüne sürdürülen İstanbul Toplantıları Türk Çocuk Ürolojisi Derneği’nin diğer aktiviteleri arasında yer almıştır.